Tras la masacre de Acteal, al único grupo que nunca se pudo tocar fue a los militares. El general Mario Renán Castillo Fernández, era el comandante dela VII Región militar en Chiapas hasta un antes previo a la masacre (¿Sabía lo que ocurriría?). Experto en estrategia de contrainsurgencia. Este jefe castrense llegó a Chiapas en 1994 para planear y encabezar la embestida contra el EZLN. Junto a él, otros militares fueron sindicados pero nunca llamados a declarar. Uno de estos militares que señalaron policías estatales, era el oficial del Ejército Mexicano de nombre Germán Laparra Salgado, responsable de la Base de Operaciones Mixtas (BOM) que se encontraba asentada en lo localidad de Chenalhó. Los líderes de Paz y Justicia lo despidieron con honores en noviembre de 1997 la sede de la VII Región Militar en agradecimiento "por todo lo que hizo por ellos".